随着最近10余年来岛内“台独”势力的抬头，台军内部思想也随之变得严重混乱。据台湾媒体报道，一名台军军人因在个人Facebook上鼓吹“台独”而遭到台湾民众举报，该军人因此遭到军方处分，此事引发岛内部分舆论的强烈反弹。在29日台湾当局“立法院”例会上，台防务部门负责人严明表示，“台独”军人遭惩处是因其违反“行政中立”原则；而有蓝营“立委”表示，军人表达“台独”意见，就应该“滚出”台军。

据台湾《醒报》报道，台陆军第6军团中尉蔡跃升曾在今年7月于个人社交网页Facebook上发言，公然写道：“我主张‘台湾独立’，支持‘台独’，我同时也是职业军人”。蔡跃升同时表示他坚决反对国民党的立场。有岛内民众发现了这一留言，并将此事举报至台湾军方。随后台军司令部以“现役军人应保持‘行政中立’”为理由，对蔡跃升进行警告处分，其Facebook主页也被下令关闭。

29日，台“立法院”排定防务部门进行2015年施政计划及主管预算案报告。在会上民进党“立委”蔡煌琅声称对蔡跃升的处分说明台军存在“思想检查”，是“打压言论自由”，同时公然鼓吹“台独”。对此台湾防务部门负责人严明回应称，处分是因为违反“行政中立”，现役军人依规定在网络的言论，不能违反“行政中立”。

台湾防务部门负责人严明

严明称，台军军人“当然可以有自己的政治倾向与立场”，此次处分“并非针对讯息内容”，但是不可以现役军人身分在网路上公开宣示自己的政治立场，如此可能对同僚造成影响。

国民党“立委”林郁方则表示，现有的“宪法”，民进党前“行政院长”谢长廷也讲，这是“宪法一中”。林郁方说，军人不是一般人，军队也不是民间社团，更不是一般机关，军人手中有武器。职业军人要主张“台独”，就违反当初念军校的誓言，那就应离开军队；任何军人、军官敢跳出来支持“台独”，就应滚出军队：“若军人可以在军队内部自由表达支持‘台独’，那在军中支持中华人民共和国，是否也叫言论自由？”

国民党在退守台湾之后，台军长期以来一直坚持“一个中国”原则，并长期在台军中进行反“台独”教育。但在2000年民进党上台后，台军坚持多年的反“台独”教育被取消，并不断向官兵灌输分裂意识。马英九上台后，主张在坚持“九二共识”的基础上维持“不统、不独、不武”的现状，以此对台军官兵进行思想教育。但近年来台军内部的“台独”思想理念非但没有清除，官兵在“统独”问题的思想混乱和迷失反而愈演愈烈，在“为谁而战、为何而战”的问题上，台军内部依旧存在着严重的分歧。

近年来台军内部思想混乱愈演愈烈