据台湾《联合报》报道，马英九26日上午下乡到云林县，参观云林科技大学绿色科技与再生能源研发成果，并与学生举行座谈会。不料，校门口聚集数百名当地绿营民意代表及抗议人群，还有民众向马英九扔鞋子泄愤，场面相当混乱。这时，警方架起高高的鸟网进行防护，防止恶劣事件发生。

马英九26日上午参访云林科技大学，校门口聚集百名民众拉抗议布条。

据悉，民进党籍云林县长苏治芬因治水经费迟无着落，扬言只要马英九踏进云林县，就会率领群众围堵。同时，因马英九涉及违宪监听，民进党云林县党部动员数百名群众在科大校门口拉布条抗议。在马英九车队行进当中，还有人高呼口号“不要水门案总统”、“马英九下台”。

当地警方为防止事故发生，部署大批警力维护安全。马英九抵达云科大时，群众并未注意，待发觉之后，车队已经进入校区，所以马英九基本没有受到外面抗议人群的影响。有媒体试图询问有关与检察总长两度会面，以及是否看到完整监听译文等事，马英九仅脸上带笑，但没有回应。

另据“中央社”报道，有穿着拖鞋、短裤的少数民众，趁隙突围走入校园并接连丢出“蓝白拖鞋”，警方则设置防护网将其团团围住，只有发生零星推挤，未进一步酿成激烈冲突。

近日，马英九在台湾的局势可谓“紧张”，台湾水门案以及云林县治水事件引来不少抗议声。继“马英九寓所被泼油漆撒冥币”事件后，这是又一起台湾冲突事件。在抗议现场的民进党立委李应元受访表示，马英九在人民为淹水所困之时，竟然只顾着和检察总长违法监听、斗争“立法院长”，他应该向民众道歉并下台。