马英九先生一行7日结束在大陆的行程，于午间搭机从上海返回台湾。中共中央台办、上海市委有关负责人前往机场送行。

3月27日，马英九率团抵达上海，并赴南京，开始首次大陆之行。在大陆期间，马英九在南京拜谒中山陵，参观了侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，回到湖南湘潭祭祖，并在南京、武汉、长沙、重庆、上海等地参访，带领台湾青年学生前往武汉大学、湖南大学、复旦大学，与大陆学生进行交流座谈。