本届奥运会期间，塞纳河的水质问题备受关注。依据赛事安排，马拉松游泳比赛将于当地时间8日和9日在塞纳河举行，中国选手辛鑫将参加当地时间8日举行的马拉松游泳女子10公里的争夺。

6日，世界泳联和巴黎奥组委宣布，经当天清晨会议决定，取消当天的马拉松游泳适应性训练。根据声明，水质检测结果显示，塞纳河奥运游泳赛段的肠球菌水平不在可接受的范围内。法新社报道称，这是自本届奥运会开幕以来，塞纳河公开水域相关赛事训练活动第五次被取消。